По умолчанию в Apache нельзя установить более одного SSL сертификата. На сайте mod_gnutls: Позволяет на разные виртуальные домены устанавливать разные SSL сертификаты. После установки и загрузки модуля в Apache, для каждого виртуального домена требующего SSL, нужно прописать ниже следующие.
GnuTLSEnable on GnuTLSPriorities NORMAL GnuTLSCertificateFile /path/to/file/yourssl.crt GnuTLSKeyFile /path/to/file/yourssl.key